Février 1906 : l'application de la loi de Séparation donne lieu à de violents incidents à Paris et dans plusieurs départements au moment où l'administration procède aux inventaires des biens cultuels et demande l'ouverture des tabernacles. La loi de Séparation est condamnée, le 11 février 1906, par le pape Pie X dans son encyclique Vehementer nos qui critique les associations cultuelles et la compétence du Conseil d'État en matière de contestations relatives aux biens réclamés par plusieurs associations.; Le pape encourage les catholiques français à s'opposer aux inventaires puis, le 10 août 1906, par l'encyclique Gravissimo offici, il interdit la formation des associations cultuelles prévues par la loi pour administrer les biens mobiliers et immobiliers nécessaires à l'exercice du culte.
Les catholiques s'opposent aux inventaires des biens prévus par la loi et refusent de constituer les associations cultuelles destinées à subvenir aux frais, à l'entretien et à l'exercice public d'un culte. Les prêtres refusent de remplir les formalités auxquelles la loi les soumet.
La force publique intervient afin de protéger les fonctionnaires chargés d'ouvrir les tabernacles; des échauffourées ont lieu à Paris (notamment à l’église Sainte-Clotilde à proximité du Palais-Bourbon) en Bretagne, en Auvergne, dans les Pyrénées et en Savoie.
7 mars 1906 : à la suite de ces troubles, la Chambre des députés repousse l'ordre du jour de confiance au Gouvernement, rédigé par Raoul Péret, par 267 voix contre 234, entraînant la chute du cabinet Rouvier.
14 mars 1906 : cabinet Sarrien – dit de « concentration républicaine » – comprenant trois anciens ministres du cabinet Rouvier, des progressistes et des radicaux. Georges Clemenceau est ministre de l'Intérieur, Aristide Briand ministre de l'Instruction publique et des Cultes. La chambre vote la confiance par 299 voix contre 190 (droite et Union démocratique). Clemenceau ordonne aux préfets la suspension des inventaires. « Quelques chandeliers ne valent pas une révolution », déclare-t-il.
mai 1906 : la gauche remporte les élections législatives.
août 1906 : création par la conférence épiscopale du « denier du clergé », devenu ultérieurement « denier du culte » afin de subvenir aux besoins des membres du clergé.
20 octobre 1906 : démission de Ferdinand Sarrien pour raison de santé. Georges Clemenceau lui succède, gardant le portefeuille de l'Intérieur.
Aristide Briand entre au Gouvernement en qualité de ministre de l'Instruction publique, des Beaux-Arts et des Cultes. À partir du 4 janvier 1908 il devient ministre de la Justice et des Cultes.
Une circulaire aux préfets du 1er décembre 1906 prescrit d'accorder aux catholiques la liberté de réunion. Dans un souci d'apaisement, le gouvernement de Georges Clemenceau fait voter la loi du 2 janvier 1907 laissant les édifices nécessaires à l'exercice du culte à la disposition des fidèles et des ministres du culte, à défaut d'associations cultuelles. Pie X condamne une loi « de confiscation et de spoliation ».
La loi du 28 mars 1907 autorisant la tenue des réunions sans déclaration préalable permet de régler les problèmes posés par le refus de l'Église catholique de souscrire la déclaration annuelle prévue pour les réunions cultuelles par l'article 25 de la loi du 1905.
La loi du 13 avril 1908 modifie de la loi 1905 pour tenir compte du refus de l'Église catholique de créer les associations cultuelles. Elle autorise les communes à « engager les dépenses nécessaires pour l'entretien et la conservation des édifices du culte » dont ils ont la propriété.
Le décret du 6 février 1911 étend la séparation des Églises et de l'État à la Guadeloupe, la Martinique et la Réunion (Journal officiel du 10 février 1911).