Le rôle des établissements publics territoriaux de bassin a été confirmé par la loi sur la modernisation de l’action publique territoriale et de l’affirmation des métropoles du 27 janvier 2014, en matière de gestion de l’eau et de prévention des inondations.

Le projet de loi prévoit de confier les missions de préservation et de restauration de la biodiversité des écosystèmes aquatiques à l’Agence française de la biodiversité, et à ses déclinaisons territoriales. Pour des questions de lisibilité et d’efficacité de l’action publique en la matière il semble donc préférable en ce qui concerne les établissements publics territoriaux de bassin, d’apporter une précision sur l’orientation dans laquelle doit être conduite la gestion équilibrée et durable de la ressource en eau vis-à-vis de la préservation et de la restauration de la biodiversité et des écosystèmes aquatiques.