Les reports successifs du projet de loi Biodiversité ont obligé les Sénateurs à créer un conseil d’administration transitoire pour l’AFB, qui devait initialement entrer en vigueur le 1^er janvier 2015. Ce conseil transitoire doit être composé des membres des conseils d’administration des établissements composant l’AFB mais aussi des membres du Comité nationale « Trames verte et bleue », qui vont normalement devenir membres du Comité national de la biodiversité.