La future Agence française pour la biodiversité dont certaines des missions seront soit directement soit indirectement en lien avec les acteurs agricoles et forestiers et leurs pratiques, doit légitimement voir son directeur général nommé par un arrêté conjoint des ministères chargés respectivement de l’environnement et de l’agriculture.

En outre, un certain nombre des missions de l'AFB se feront en interaction avec des établissements publics sous tutelle du MEEM et du MAAF tels que l’ONCFS.